Azərbaycan Milli Elmlər Akademiya­sında, o cümlədən Botanika İnstitutunda magistr hazırlığı Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin 2010-cu il 12 may tarixli 88 nömrəli qərarı ilə təsdiq edilmiş “Magistratura təhsilinin məzmunu, təşkili və “magistr” dərəcələrinin verilməsi Qaydaları”na, Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin 2011-ci il 14 iyun tarixli 95 nömrəli qərarı ilə təsdiq edilmiş “Ali təhsilin magistratura səviyyəsi üzrə ixtisasların (ixtisaslaşmaların) Təsnifatı”na və Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin 24 dekabr 2013- cü il tarixli 348 nömrəli qərarı ilə təsdiq edilmiş “Ali təhsil müəssisələrinin bakalavriat və magistratura səviyyələrində kredit sistemi ilə tədrisin təşkili Qaydaları”na uyğun olaraq müəyyən ixtisaslar üzrə sərbəst yaradıcılıq fəaliyyəti göstərə biləcək mütəxəssislərin hazırlanması məqsədini daşıyır və müvafiq ixtisaslaşmalar üzrə mütəxəssis hazırlığının həyata keçirilməsini təmin edir.
     AMEA Botanika İnstitutunda 2016-cı ildən magistratura səviyyəsində tədrisin təşkili ali təhsil pilləsinin dövlət standartının tələblərinə uyğun Azərbaycan Respublikası Təhsil Nazirliyi tərəfindən təsdiq edilmiş qaydalar əsaında kredit sistemi (Avropa ölkələrində tətbiq olunan AKTS- Avropa Kredit Transfer Sistemi) üzrə həyata keçirilir.
     Magistratura – ali təhsilin ikinci səviyyəsinin tələblərinə uyğun olaraq, yüksəkixtisaslı, analitik tədqiqat təfəkkürünə malik, sərbəst elmi yaradıcılıq fəaliyyəti göstərə biləcək mütəxəssislərin hazırlığını təmin edən təhsil prosesidir. Magistratura səviyyəsində təhsilin məzmunu bir-biri ilə əlaqəli nəzəri təlimdən, elmi-tədqiqat işlərindən, pedaqoji və peşəkar hazırlıqdan ibarətdir. Magistrantın nəzəri təlimi və pedaqoji hazırlığı humanitar, ixtisas və ixtisaslaşma fənlərinin mühazirə, məşğələ, seminar, məsləhət, sərbəst iş, pedaqoji təcrübə və s. formada öyrənilməsi ilə təmin olunur.
    Magistrantın elmi-tədqiqt fəaliyyəti hər semestr üçün nəzərdə tutulmuş elmi-tədqiqat işlərinin yerinə yetirilməsindən, elmi-tədqiqat və elmi-pedaqoji təcrübələrdən və magistrlik dissertasiyasının hazırlanmasından ibarətdir. Magistratura üzrə aparılan elmi-tədqiqat işləri axtarış və tətbiqi xarakterli olmalıdır.