Azərbaycan Milli Elmlər Akademiya­sında, o cümlədən Botanika İnstitutunda, cəmiyyətin və əmək bazarının tələbatı nəzərə alınmaqla, yüksək iхtisaslı mütəхəssislərin və elmi-pedaqоji kadrların hazırlığı, elmi dərəcələrin verilməsi doktrantura və dissertantlıq yоlu ilə  həyata keçirilir.
     Doktorantura ali təhsilin ən yüksək səviyyəsi оlmaqla elmi və elmi-pedaqоji kadrların hazırlanmasını, iхtisas və elmi dərəcələrin yüksəldilməsini təmin edir.
     Doktoranturaya qəbul, o cümlədən dissertant kimi təhkim olunma qaydaları, təhsilalma formaları və təhsil müddəti “Elm haqqında” Azərbaycan Respublikasının Qanunu və “Təhsil haqqında” Azərbaycan Respublikasının Qanunu  ilə müəyyən edilir.
    Doktoranturaya və dissertanturaya qəbul Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin 2010-cu il 01 iyul tarixli 129 nömrəli qərarı ilə təsdiq edilmiş “Doktoranturaların yaradılması və doktoranturaya qəbul Qaydaları”na və Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin 2012-ci il 15 mart tarixli 65 nömrəli qərarı ilə təsdiq edilmiş “Ali təhsilin doktrantura səviyyəsi üzrə ixtisasların Təsnifatı”na uyğun fəlsəfə doktoru və elmlər doktoru proqramları üzrə həyata keçirilir.
     Fəlsəfə doktoru proqramı üzrə doktoranturada əyani təhsil müddəti 3 il, qiyabi 4 il, dissertantlıq yolu ilə 4 ildir.
     Elmlər doktoru proqramı üzrə doktoranturada əyani təhsil müddəti 4 il, qiyabi 5 il, dissertantlıq yolu ilə 5 ildir.
    Müstəsna hallarda bütün təhsil formaları üzrə təhsil müddəti uzadıla bilər.
  AMEA Botanika İnstitutunda doktoranturada təhsilalma əyani (istehsalatdan ayrılmaqla) və ya qiyabi (istehsalatdan ayrılmamaqla) formalar üzrə olmaqla aşağıdakı ixtisaslara qəbul həyata keçirilir. 

2406.01 Biofizika

2406.02 Biokimya

2411.02 Bitki fiziologiyası

2417.01 Botanika

2430.01 Mikologiya

2432.01 Bioloji ehtiyatlar