Азербайджан богат не только растительными ресурсами, но и очень ценной   гербарной коллекцией. Обладатель наиболее старинной и многочисленной коллекции гербарных образцов флоры Республики - Гербарный Фонд Института ботаники Национальной Академии наук Азербайджана был создан в 1936 году, со времени создания института.  Известный исследователь флоры Кавказа академик А.А. Гроссгейм и другие  ботаники, профессора  В. Гаджиев, Г. Ахундов, И. Карягин, Ю.Исаев, Е. Халилов, Р. Рза-заде, Р. Аскерова, С.Мусаев и др. внесли огромный вклад в дело организации Гербарного Фонда.  Эта традиция продолжается до сих пор, и новое поколение ботаников принимает активное участие в обогащении гербарной коллекции.
     Гербарная коллекция института насчитывает до 600.000 единиц гербарных образцов, охватывающих 1065 родов из 135 семейств. Среди этих образцов - 63 высших споровых, 24 голосеменных, 4313 покрытосеменных  видов растений. Большую часть гербарных образцов Фонда составляет  азербайджанская  и кавказская флора. В коллекции представлена также флора Ирана, Турции, Германии, Грузии, Украины, России, США, Израиля и других стран.
     В коллекции  института  содержатся  также 270 типов  гербарных образцов, охватывающих 20 синтипов, 33 изотипа, 2 голотипа, 5 топотипов, 9 паратипов и 1 лектотип, относящихся к  27 семействам и 79 родам.
     Успешным шагом к сохранению и цифровому обозначению ценного гербарного материала является включение на основе Согласительных Меморандумов, подписанных между Институтом ботаники НАНА и Берлинским Дахлемским Ботаническом садом и Музеем ботаники (Германия) информации о гербарных образцах и их фотоснимков в Европейскую виртуальную информационную базу данных.