Azərbaycan yalnız bitki ehtiyatları ilə deyil, həm də çox dəyərli Herbari kolleksiyası ilə zəngindir. Qədim və böyük miqdarda herbari nümunələri olan Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyası Botanika İnstitutunun Herbari Fondu 1936-cı ildə İnstitut yarandığı vaxtdan fəaliyyət göstərir. Qafqaz florasının görkəmli tədqiqatçısı akademik A.Qrossheym və digər botaniklər – professorlar Q.Axundov, İ.Karyagin, Y.İsayev, E.Xəlilov, R.Rza-zadə, R.Əsgərova, V.Hacıyev, S.Musayev və s. Herbari Fondunun yaranmasına böyük töhfələr vermişlər. Bu ənənə hazırda da davam etdirilir və yeni nəsil botaniklər herbari kolleksiyasının genişləndirilməsində fəal iştirak edirlər.
     Herbari kolleksiyası 135 fəsilə 1065 cinsi əhatə edən 600 000-ə yaxın nüsxədən ibarətdir. Nümunələr arasında 63 ali sporlu, 24 çılpaqtoxumlu, 4313 örtülütoxumlu bitki növü vardır. Herbari nümunələrinin əksəriyyəti Azərbaycan florasını, eləcə də Qafqaz florasını əhatə edir. İran, Türkiyə, Almaniya, Gürcüstan, Ukrayna, Rusiya, ABŞ, İsrail və s. kimi ölkələrin florası da bu Fondda təmsil olunur. Kolleksiyada 27 fəsilə 79 cinsə aid 20 sintip, 33 izotip, 2 holotip, 5 topotip, 9 paratip və 1 lektotipi əhatə edən 270 herbari tip nümunəsi saxlanılır.
     AMEA Botanika İnstitutu ilə Berlin-Dahlem Botanika Bağı və Botanika Muzeyi (Almaniya) arasında imzalanmış Razılaşma Memorandumu əsasında Botanika İnstitutunun dəyərli herbari materiallarının qorunması və rəqəmsallaşdırılması istiqamətində uğurlu addım kimi herbari nüxsələri haqqında məlumat və şəkillər Avropa Virtual Məlumat Bazasına daxil edilir.