Azərbaycan zəngin bitki ehtiyatları ilə yanaşı, böyük elmi və tarixi əhəmiyyətə malik herbari kolleksiyası ilə də seçilir. Azərbaycan Respublikası Elm və Təhsil Nazirliyinin Botanika İnstitutu Publik Hüquqi Şəxsinin Herbari Fondu 1936-cı ildə İnstitutun yaradılmasından etibarən fəaliyyət göstərir. Fondun formalaşmasında Qafqaz florasının görkəmli tədqiqatçısı, akademik A. Qrossheym, eləcə də professorlar Q. Axundov, İ. Karyagin, Y. İsayev, E. Xəlilov, R. Rzazadə, R. Əsgərova, V. Hacıyev, S. Musayev və digər tanınmış botaniklər mühüm rol oynamışlar. Bu elmi ənənə hazırda da davam etdirilir və yeni nəsil botaniklər herbari kolleksiyasının zənginləşdirilməsində fəal iştirak edirlər.

Herbari Fondu 135 fəsilə və 1065 cinsə aid təxminən 600 000 herbari nümunəsini əhatə edir. Kolleksiyada 63 ali sporlu, 24 çılpaqtoxumlu və 4313 örtülütoxumlu bitki növünə aid nümunələr saxlanılır. Herbari materiallarının əsas hissəsini Azərbaycan və ümumilikdə Qafqaz florasına aid nümunələr təşkil edir. Bununla yanaşı, İran, Türkiyə, Almaniya, Gürcüstan, Ukrayna, Rusiya, ABŞ, İsrail və digər ölkələrin florasını təmsil edən nümunələr də kolleksiyada mövcuddur.

Herbari fondunun xüsusi elmi əhəmiyyət daşıyan hissəsini tip herbari nümunələri təşkil edir. Kolleksiyada 27 fəsilə və 79 cinsə aid, ümumilikdə 270 tip nümunəsi saxlanılır. Bunlara 200 tip, 20 sintip, 33 izotip, 2 holotip, 5 topotip, 9 paratip və 1 lektotip daxildir. Bu nümunələr bitki taksonlarının nomenklatur statusunun müəyyənləşdirilməsi, sistematik tədqiqatların aparılması və floristik məlumatların dəqiqləşdirilməsi baxımından mühüm elmi əhəmiyyətə malikdir.

Azərbaycan Respublikası Elm və Təhsil Nazirliyinin Botanika İnstitutu Publik Hüquqi Şəxsi ilə Berlin-Dahlem Botanika Bağı və Botanika Muzeyi (Almaniya) arasında imzalanmış Razılaşma Memorandumu çərçivəsində herbari materiallarının qorunması və rəqəmsallaş­dırıl­ması istiqamətində mühüm işlər həyata keçirilir. Bu əməkdaşlıq çərçivəsində herbari nümunələri haq­qında məlumatların və onların təsvirlərinin Avropa virtual məlumat bazasına daxil edilməsi kolleksiyanın beynəlxalq elmi dövriyyəyə inteqrasiyasına, məlumatların əlçatanlığının artırılmasına və qiymətli botaniki irsin uzunmüddətli qorunmasına xidmət edir.