Отдел систематики и филогении высших растений

• Лаборатория экологии и географии высших растений
• Лаборатория флоры и систематики

Отдел гербарий

Отдел микологии и примитивных растений

• Лаборатория альгологии и лихенобриологии
• Лаборатория экспериментальной микологии

Отдел геоботаники

Отдел растительных ресурсов

Отдел этноботаники

Отдел экспериментальной ботаники

Отдел биоморфологии и фитоинтродукции

• Сектор банков семян

Отдел образования

Отдел международных отношений

• Ботанический музей

Отдел по связям с общественностью