Ali bitkilərin sistematikası və filogeniyası şöbəsi

• Ali bitkilərin ekologiyası və coğrafiyası laboratoriyası
• Flora və sistematika laboratoriyası 

Herbari şöbəsi

Mikologiya və ibtidai bitkilər şöbəsi

• Alqologiya və lixenobriologiya laboratoriyası
• Eksperimental mikologiya laboratoriyası

Geobotanika şöbəsi

Bitki ehtiyatları şöbəsi

Etnobotanika şöbəsi

Eksperimental botanika şöbəsi 

Biomorfologiya və fitointroduksiya şöbəsi

• Toxum bankı sektoru

Təhsil şöbəsi

Beynəlxalq əlaqələr şöbəsi

• Botanika muzeyi

İctimaiyyətlə əlaqələr şöbəsi