Laboratoriyalar:

• Ali bitkilərin sistematikası laboratoriyası
• Mikologiya laboratoriyası
• Herbari fondunun təşkili və rəqəmsallaşdırılması laboratoriyası
• Geobotanika laboratoriyası
• Bitkiliyin transformasiyası, ekologiyası, xəritələndirilməsi laboratoriyası
• Etnobotanika laboratoriyası
• Bioloji ehtiyatlar və fərdi maddələrin alınması texnologiyası laboratoriyası
• Biomorfologiya və fitointroduksiya laboratoriyası
• Meşəşünaslıq laboratoriyası
• Dendroxronologiya  və bitki mühafizəsi laboratoriyası
• Landşaft memarlığı və iqlimləşdirmə laboratoriyası
• Mərkəzləşdirilimiş eksperimental laboratoriya

Bitki müxtəlifliyi və tətbiqi tədqiqatlar mərkəzi:

• Brioloji biologiya
• Alqologiya
• Lixenologiya
• Sənaye əhəmiyyətli bitkilər
• Endemik, nadir və narkotik bitkilər
• Toxum Bankı

 Regional təcrübə məntəqəsi:

• Karrar regional təcrübə məntəqəsi
• Zaqatala regional təcrübə məntəqəsi
• Saray regional təcrübə məntəqəsi

Şöbə və sektorlar:

Tədqiqata dəstək şöbəsi:

• Layihələr və qrantlar sektoru
• İnnovasiya və texnoloji transfer ofisi
• Data və analitika ofisi

İnzibati şöbə:

• Sənədlərlə iş və ictimaiyyətlə əlaqələr sektoru
• İnsan resursları və hüquq sektoru
• İnformasiya texnologiyaları sektoru

 Maliyyə şöbəsi:

• Maliyyə və mühasibatlıq sektoru
• Texniki iş sektoru

Strateji inkişaf, monitorinq və qiymətləndirmə sektoru

Kitabxana və elektron resurslar sektoru

Elmi kadrların hazırlığı sektoru

Beynəlxalq əməkdaşlıq sektoru

Təchizat və satınalma sektoru