1. Ali Bitkilərin Sistematikası laboratoriyası
  2. Mikologiya Laboratoriyası
  3. Herbari fondunun təşkili və rəqəmsallaşdırılması laboratoriyası
  4. Geobotanika laboratoriyası
  5. Bitkiliyin Transformasiyası, Ekologiyası, Xəritələndirilməsi Laboratoriyası
  6. Etnobotanika Laboratoriyası
  7. Bioloji Ehtiyatlar və Fərdi Maddələrin alınması Texnologiyası Laboratoriyası
  8. Biomorfologiya və Fitointroduksiya Laboratoriyası
  9. Meşəşünaslıq Laboratoriyası
  10. Dendroxronologiya  və Bitki Mühafizəsi  Laboratoriyası
  11. Landşaft  Memarlığı və iqlimləşdirmə Laboratoriyası
  12. Mərkəzləşmiş Eksperimental Laboratoriya
  13. Bitki müxtəlifliyi və tətbiqi tədqiqatlar mərkəzi (Brioloji Biologiya,  Alqologiya, Lixenologiya, Sənaye Əhəmiyyətli Bitkilər, Endemik, nadir və narkotik bitkilər, Toxum Bankı
  14. Tədqiqata dəstək şöbəsi
  15. İnzibati şöbə
  16. Strateji inkişaf və qiymətləndirmə sektoru
  17. Kitabxana və elektron resurslar sektoru
  18. Elmi kadrların hazırlığı sektoru
  19. Beynəlxalq Əməkdaşlıq sektoru
  20. Təchizat və Satınalma sektoru
  21. Maliyyə şöbəsi
  22. Regional təcrübə məntəqəsi