Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 2022-ci il 28 iyul tarixli Fərmanı ilə təsdiq edilmişdir
1.1. Fizika İnstitutu;
1.2. Riyaziyyat və Mexanika İnstitutu;
1.3. İdarəetmə Sistemləri İnstitutu;
1.4. Radiasiya Problemləri İnstitutu;
1.5. İnformasiya Texnologiyaları İnstitutu;
1.6. Biofizika İnstitutu
1.7. Nəsrəddin Tusi adına Şamaxı Astrofizika Rəsədxanası;
1.8. Akademik Yusif Məmmədəliyev adına Neft-Kimya Prosesləri İnstitutu;
1.9. Akademik Murtuza Nağıyev adına Kataliz və Qeyri-üzvi Kimya İnstitutu;
1.10. Akademik Əli Quliyev adına Aşqarlar Kimyası İnstitutu;
1.11. Polimer Materialları İnstitutu;
1.12. Geologiya və Geofizika İnstitutu;
1.13. Akademik Həsən Əliyev adına Coğrafiya İnstitutu;
1.14. Təbiət Tarixi Muzeyi;
1.15. Neft və Qaz İnstitutu;
1.16. Botanika İnstitutu;
1.17. Zoologiya İnstitutu;
1.18. Akademik Abdulla Qarayev adına Fiziologiya İnstitutu;
1.19. Mikrobiologiya İnstitutu;
1.20. Dendrologiya İnstitutu;
1.21. Molekulyar Biologiya və Biotexnologiyalar İnstitutu;
1.22. Genetik Ehtiyatlar İnstitutu;
1.23. Torpaqşünaslıq və Aqrokimya İnstitutu;
1.24. İqtisadiyyat İnstitutu.
2.1. Təbii Ehtiyatlar İnstitutu;
2.2. Bioresurslar İnstitutu;
2.3. Batabat Astrofizika Rəsədxanası.
3.1. Ekologiya və Təbii Ehtiyatlar İnstitutu;
3.2. Bioresurslar İnstitutu;
3.3. Aqrar Problemlər İnstitutu;
3.4. Nəbatat Bağı.
4.1. Təcrübə-Sənaye Zavodu;
4.2. “Kibernetika” Elmi İstehsalat Birliyi;
4.3. “Nafta” Elmi İstehsalat Birliyi;
4.4. “Aşqar” Elmi İstehsalat Birliyi;
4.5. “Kompozit” Elmi İstehsalat Birliyi.