Azərbaycan Respublikasında bitkilər aləmini öyrənən geniş profilli elmi mərkəz kimi tanınan Botanika İnstitutu rəsmi bir qurum kimi 1936-cı ildə SSRİ Elmlər Akademiyası Zaqafqaziya filialının Azərbaycan botanika bölməsinin bazasında təsis edilmişdir. 1999-cu ilə qədər Mərdəkan Dendrarisi (hazırki AR ETN Dendrologiya İnstitutu), 2000-ci ilə qədər Nəbatat bağı şöbəsi (hazırki Mərkəzi Nəbatat Bağı Publik hüquqi şəxs), 2016-cı ilə qədər Bioloji proseslərin fundamental problemləri şöbəsi (hazırki AR ETN Molekulyar Biologiya və Biotexnologiya İnstitutu) Botanika İnstitutunun nəzdində inkişaf etmiş və fəaliyyət göstərmişdir.

İnstitutun təşəkkül tapmasında və inkişafında onun ilk direktoru, görkəmli botanik, Qafqaz florasının bilicisi, SSRİ Dövlət mükafatı laureatı, SSRi Elmlər Akademiyasının həqiqi üzvü A.A.Qrossheymin mühüm rolu olmuşdur. İnstituta akademik A.A.Qrossheymdən (1936-1947) sonra akademik M.H.Abutalıbov (1947-1950; 1962-1978), akademik H.Ə.Əliyev (1950-1952); b.ü.e.d. Ş.Ö.Barxalov (1952-1957), akademik V.X.Tutayuq (1957-1962), akademik U.K.Ələkbərov (1978-1988), akademik V.C.Hacıyev (1988-2008), müxbir üzv S.H.Musayev (2008-2010), akademik V.M.Əli-zadə (2011-2021) rəhbərlik etmişlər. 2021-ci ildən bugünədək İnstitutun direktoru, biologiya elmləri doktoru, professor Səyyarə İbadullayevadır.

Ali bitkilərin hərtərəfli öyrənilməsi sahəsi üzrə qazanılmış nailiyyətlərdə azərbaycanlı alimlərin - H.Ə.Əliyev, Y.M.İsayev, V.X.Tutayuq, Q.F.Axundov, M.M.Abutalıbov, İ.S.Səfərov, Ə.X.Xəlilov, R.Y.Rzazadə, H.M.Qədirov, V.C.Hacıyev, R.Q.Əsgərova, S.H.Musayev, N.M.İsmayılov və başqa görkəmli alimlərin töhfələri qeyd olunmalıdır.

O illərdə Respublikada floristik və geobotaniki tədqiqatlar, Kür-Araz ovalığındakı qış otlaqları, səhra və yarımsəhraları, Böyük və Kiçik Qafqazın, Naxçıvan MR yay və qış otlaqları, çəmən və xalıların pasportlaşdırılması üzrə tədqiqatlar aparılmışdır. Azərbaycanın bütün rayonlarında çoxsaylı monitorinqlər həyata keçirilmiş, bitkilərin resurs potensialının üzə çıxarılması məqsədilə floristik tədqiqatlar aparılmış, meşələrin məhsuldarlığı qiymətləndirilmiş və qorunması məqsədilə böyük işlər yerinə yetirilmişdir, bu sahələri əhatə edən fundamental əsərlər işıq üzü görmüşdür.

Mikologiya sahəsinin tədqiq edilməsində respublikada Lenin mükafatına layiq görülmüş yeganə alim V.İ.Ulyanişşevin böyük rolu olmuşdur. 1985-1997-ci illərdə bu sahə professor T.M.Axundov, professor E.S.Hüseynov tərəfindən inkişaf etdirilmiş, 1997-ci ildən hazırkı dövrə qədər professor D.N.Ağayevanın rəhbərliyi ilə klassik morfoloji metodlarla yanaşı, ən müasir molekulyar və ultrastruktur yanaşmalarla davam etdirilir. İbtidai bitkilərin müxtəlifliyi, ekologiyası, müxtəlif bölgələrdə yayılması, Xəzər dənizinin yosunları (o cümlədən, onların ultrastrukturu) istiqamətinin inkişafında həmçinin professor Ş.Ö.Barxalov, professor N.İ.Qarayevanın da xidmətləri diqqətəlayiqdir. Hazırda bu sahə davam etdirilir.

Azərbaycanda nümunələrin sayına görə Qafqazda ən qədim və mühüm Herbari fondu İnstitutun təşəkkül etdiyi 1936-cı ildən fəaliyyətə başlamışdır. Hazırda 600 000 nüsxədən ibarət zəngin herbari kolleksiyasında Azərbaycanla yanaşı, digər ölkələrin flora növlərinin, həmçinin ilk dəfə elm üçün Azərbaycan ərazisindən təsvir edilmiş bitki növlərinin 300-ə yaxın tip nümunələri qorunur.

Botanika İnstitutunda Azərbaycanın bitki ehtiyatlarının tədqiq edilməsi sahəsində 30-40-cı illərdən başlayaraq, aktual olan kauçuklu ot bitkiləri (Mikayılov М.), Azərbaycanın sənaye əhəmiyyətli efir-yağlı (Qurviç N.L.), vitaminli (Y.M.İsayev, L.İ.Prilipko, D.A.Şutov) bitki növləri tədqiq edilmiş, şirin biyan kökünün, qarqı və qamışın ehtiyatları öyrənilmişdir (V.C.Hacıyev, R.Ə.Əliyev, Ə.İ.Mayılov). Azərbaycan florasının 1000-ə qədər dərman, 1000-dən yuxarı efir-yağlı, 200-ə qədər aşımaddəli və 500-ə qədər vitaminlərlə zəngin bitki növləri tədqiq edilmiş, onlardan bioloji fəal maddələrin alınma texnologiyası işlənmişdir (N.İ.İsmayılov, F.Y.Qasımov, S.V.Sərkərov, S.C.İbadullayeva, Ə.N.Ələsgərova, N.P.Mehdiyeva). Son illərdə Azərbaycan florasında bir sıra faydalı (qida və dərman əhəmiyyətli) bitkilərdən bioloji fəal maddələrin fərdi şəkildə ayrılması, identifikasiyası, fitokimyası tədqiq edilmiş, yeni dərman preparatlarının yaradılmasında onların istifadə imkanları araşdırılmışdır (S.V.Sərkərov, E.N.Novruzov, S.C.İbadullayeva, A.N.Ələsgərova, L.Ə.Mustafayeva). 2009-cu ildən yaradılan Etnobotanika şöbəsində əhalinin sağlamlığının qeyri ənənəvi üsullarla qayğısına qalınmasında istifadə edilən bir sıra yabanı qida, dərman bitkilərinin etnoxarakterik səciyyəsi, bioloji ehtiyatları, populyasiya quruluşu  və istifadə imkanları öyrənilmişdir (S.C.İbadullayeva, N.P.Mehdiyeva).

İnstitutun tarixində bitki fiziologiyasının ilk əsaslı şəkildə inkişaf etdirilməsində akad. M.M.Abutalıbovun çox böyük rolu olmuşdur. Həmin dövrdə onun təşəbbüsü ilə bir sıra istiqamətlərə təkan verilmiş və müvafiq laboratoriyalar yaradılmışdır: professor Ə.Ə.Mərdanov (bitkilərin mineral qidalanması), Z.Hüseynov (su rejimi), R.M.Mehdizadə (bitkilərin boy və inkişafı), S.A.Ələkbərov (bitkilərin davamlılığı), Z.S.Əzizbəyova (bitkilərin torpaq şoranlığına davamlılığı). Bitki fiziologiyası, kənd təsərrüfatı və bitkiçiliyə yönəldilmiş məsələlərin həllində zamanın tələbi kimi aparılan işlər öz əksini tapmışdır.

Beləliklə, İnstitutda eksperimental botanika sahəsinin inkişafının əsası qoyulmuş və 70-80-cı illərdə tədqiqatlar fotosintetik sistemlərin biofiziki tədqiqinə (professor. R.Ə.Həsənov, b.e.d. İ.M.Qurbanova), membran keçiriciliyi modifikatorlarının iştirakı ilə ionların və üzvi maddələrin lipid membranından daşınması mexanizminin öyrənilməsinə (AMEA-nın m.ü. X.M.Qasımov), bitkilərin köklə qidalanmasının fiziologiyası və ion nəqliyyatının, stresə qarşı davamlılığının hüceyrə və molekulyar mexanizmlərinin müəyyənləşməsinə və çirklənmiş torpaqlarda yerli yabanı bitki növlərinin adaptasiya potensialının öyrənilməsinə (akademik V.M.Əli-zadə) yönəldilmişdir.

1988-ci ildə görkəmli alim, akademik C.Ə.Əliyevin rəhbərliyi altında ”Bioloji məhsuldarlığın fundamental problemləri” adlı şöbənin Botanika İnstitutunun tərkibinə daxil olması ilə yeni bir tarixi mərhələyə qədəm qoyuldu. İnstitutda bitki fiziologiyası, biokimyası, biofizikası, molekulyar biologiya və bioinformatika üzrə əldə edilmiş müasir nailiyyətlər akademik C.Ə.Əliyevin fəaliyyəti ilə sıx bağlıdır. 2001-ci ildə akad. C.Ə.Əliyevin təşəbbüsü ilə Azərbaycan Respublikasının Bitki Genetik Ehtiyatlarının Milli Proqramı hazırlanmışdır. 2006-cı ildən etibarən “Azərbaycan Respublikasında bioloji müxtəlifliyin qorunması və davamlı istifadəsi üzrə Milli Strategiya və Fəaliyyət Planı”na Botanika İnstitutunun elmi istiqamətləri uyğunlaşdırılmışdır. Akadademik C.Ə.Əliyevin dəyərli elmi töhfəsi bu günə qədər öz aktuallığını itirməyən çoxsaylı monoqrafiya və məqalələrdə öz əksini tapmışdır. Onun bilavasitə elmi rəhbərliyi altında yüksək ixtisaslı kadrlardan ibarət böyük elmi məktəb yaradılmışdır. 2016-cı ildən bu şöbə AMEA-nın Molekulyar Biologiya və Biotexnologiya İnstitutu kimi müstəqil olaraq öz fəaliyyətini uğurla davam etdirir.

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin təsdiq etdiyi “Azərbaycan 2020: gələcəyə baxış” İnkişaf Konsepsiyası və “Azərbaycan Respublikasında bioloji müxtəlifliyin qorunmasına və davamlı istifadəsinə dair 2017–2020-ci illər üçün Milli Strategiya”sına əsasən müasir idarəetmə modelinin tətbiqi və səmərəli elmi fəaliyyətin həyata keçirilməsi, o cümlədən dünya elmində gedən tendensiyaları, tələb və çağırışları nəzərə alaraq, İnstitutun strukturu təkmilləşdirilmiş, yeni şöbə, laboratoriya və sektorlar yaradılmış, yeni istiqamətlərin inkişafına təkan verilmişdir. Hal-hazırda İnstitutda 2 istiqamətdə 2 problem üzrə 9 mövzuda 15 iş aparılır.

Botanika İnstitutunda çalışan alimlərin qarşısında dünya elmində gedən proseslərə daha sıx inteqrasiya olunmaq, beynəlxalq aləmdə tanınmaq kimi vacib məsələlər durur. Alimlər həm də elmimizin dünyada tanıdılması istiqamətində xarici mütəxəssislərlə birgə fəaliyyətə üstünlük verirlər. Bu baxımdan keçirilən beynəlxalq elmi toplantılar, konfranslar da böyük əhəmiyyət kəsb edir.

Botanika İnstitutunun beynəlxalq elmi əməkdaşlığı uğurla inkişaf etdirilir. 2022-ci ildən İnstitutun dünya elm məbədlərinin bir çoxu ilə yeni əməkdaşlıq memorandumu bağlanılmışdır. Azərbaycanın bitki müxtəlifliyinin mühafizəsi və davamlı istifadəsi üzrə Kyu Kral Botanika Bağları (KKBB), ABŞ-ın Denver Botanika Bağının nəzdində olan Botanika Bağları Cəmiyyəti (BBC), Macarıstan Elmlər Akademiyasının Ekoloji Tədqiqatlar Mərkəzinin Ekologiya və Botanika İnstitutu, Çin Elmlər Akademiyasının Kunminq Botanika İnstitutu, ÇEA-nın Xinjiang Ekologiya və Coğrafiya İnstitutu, İtalyanın Reggio Calabria Aralıq dənizi Universiteti, Özbəkistan Elmlər Akademiyasının Botanika İnstitutu, Rusiyanın Altay Dövlət Universiteti, Ukrayna Milli Elmlər Akademiyasının M.G.Xolodnı adına Botanika İnstitutu, Belarusiya Elmlər Akademiyasının V.F. Kupreviç adına Eksperimental Botanika Elmi-Tədqiqat İnstitutu arasında qarşılıqlı əməkdaşlığa dair imzalanmış memorandumlar əsasında aparılan müştərək tədqiqatlar Azərbaycanda müasir Botanika elminin inkişafına böyük töhfə verir. Eyni zamanda əməkdaşlarımız həmin elmi müəssisələrdə müasir təcrübə metodikalarından yararlanırlar.

2024-cü ildə Botanika İnstitutu COP 15-də təsis olunmuş “Quraq Ərazilərdə Biomüxtəlifliyin Mühafizəsi İttifaqı”na (BCAA-Biodiversity Conservation Alliance for Arid Land) üzv seçilmişdir.

Mütəmadi olaraq Botanika İnstitutunda Dövlət Siyasətinə uyğun beynəlxalq konfrans və simpoziumlar keçirilir (2023-cü ildə Ümummilli Lider Heydər Əliyevin 100 illik yubileyinə həsr olunmuş “Bitki aləminin öyrənilməsində müasir yanaşmalar” adlı beynəlxalq elmi-praktiki konfrans, Ulu Öndər Heydər Əliyevin 100 illik yubileyinə həsr olunmuş “Biomüxtəliflik və bioresurslar” adlı seminar; "Heydər Əliyev ili"nə həsr edilmiş “Gənc alimlərin beynəlxalq payız məktəbi“, 2024-cü ildə 22-26 aprel tarixlərində AR ETN Botanika İnstitutu tərəfindən işğaldan azad edilmiş ərazilərdə «Yaşıl dünya naminə həmrəylik ili»nə həsr olunmuş «Şərqi Zəngəzur və Qarabağın biomüxtəlifliyinin tədqiqi» mövzusunda 3 dəyirmi masa (Laçın şəhəri 2 nömrəli Tam Orta Məktəbində, Zabux kənd Tam Orta Məktəbində, Laçın Simurq Kitabxanasında), 10 may 2024-cü ildə Ümummilli Lider Heydər Əliyevin 101 illiyi və “Yaşıl Dünya Naminə Həmrəylik İli” nə həsr olunmuş “Dünyamızı yaşıllaşdıraq” mövzusunda konfrans keçirilmişdir. Bundan əlavə cari ildə 2 beynəlxalq (Azərbaycan Respublikası Prezidentinin Naxçıvan Muxtar Respublikasının 100 illik yubileyinin qeyd edilməsi haqqında Sərəncamından   irəli gələn vəzifələrə uyğun olaraq AR ETN Botanika İnstitutu ilə Naxçıvan Dövlət Universitetinin birgə keçirdiyi “Biomüxtəlifliyin dayanıqlığının təmin edilməsində yeni çağırışlar” COP29 “Yaşıl dünya və insan sağlamlığı”; Botanika İnstitutu və BCAA İttifaqı ilə birgə COP29 - Qarabağ və Şərqi Zəngəzurun aran ərazilərində problemlər və həlli yolları”); 1 yerli konfransın (Botanika İnstitutu, “Mərkəzi Nəbatat Bağı” Publik Hüquqi Şəxs və "Dendrologiya Bağı" Publik Hüquqi Şəxsin birgə təşkilatçılığı ilə “Bioloji müxtəlifliyin mühafizəsi: Botanika, Ekologiya və Yaşıl Şəhərlər” adlı elmi-praktik konfrans) keçirilməsi nəzərdə tutulur.

Təbiətimiz son dərəcə zəngindir. Azərbaycan müstəqillik qazandıqdan sonra ətraf mühitin və ekologiyanın mühafizəsi sahəsində dövlət siyasəti məhz Ulu Öndər Heydər Əliyevin Prezidentliyi dövründə formalaşmağa başlamış və hazırda cənab Prezident İlham Əliyev tərəfindən ölkəmizdə bitki biomüxtəlifliyinin qorunması və səmərəli istifadə olunması məsələlərinə xüsusi diqqət yetirilir.

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 29 sentyabr 2022-ci il tarixli Sərəncamı ilə elan edilmiş “Heydər Əliyev ili”nə töhfə olaraq 2023-cü ildə Botanika İnstitutu tərəfindən Azərbaycan xalqının Ümummilli Lideri Ulu Öndərin 100 illiyinə ərmağan edilmiş Azərbaycanın “Qırmızı Kitab”ın 3-cü nəşri hazırlanmışdır (Kitabın flora üzrə məsul redaktoru b.e.d., prof. S.C.İbadullayevadır). Burada 462 flora növü (425 bitki: 383 ali, 15 ali sporlu, 6 mamır, 14 şibyə, 5 yosun, 37 göbələk) öz əksini tapmışdır.

İnstitutun əməkdaşları bir neçə layihələr üzrə tədqiqatlar aparır. “Azərbaycan florasında yayılan dərman bitkilərinin istifadə perspektivləri” mövzusunda tədqiqat layihəsi başa çatmışdır. AMEA və ETN tərəfindən dəstəklənən “Qarabağ florasında  yabanı bioloji resursların variativliyinin saxlaması və etnobioloji informasiyaların icmalara çatdırılması” elmi-tədqiqat proqramı üzrə tədqiqatlar başlamışdır. Azərbaycanın bitki müxtəlifliyinin qorunması və gələcəkdə davamlı istifadəsi üzrə Kyu Kral Botanika Bağı (Böyük Britaniya) “Qafqazın ağac-toxum bankının açılması” adlı beynəlxalq layihə 2022-2023-cü illərdə yerinə yetirilmiş və başa çatmışdır. AR ETN Botanika İnstitutu ilə Kyu Kral Botanika Bağı arasında “Qafqaz ağac toxum Bankının inkişafı” adlı beynəlxalq layihəyə start verilmişdir (2024-2027-ci illər). Bundan əlavə AR ETN-ə təqdim edilən və dəstəklənməsi gözlənilən “Azərbaycan florası” çoxcildliyinin tərtib olunması və “Azərbaycanın Xəzər dənizinin sahilyanı dəniz ərazilərində karbon qazını udmaq və onu sənaye emissiyalarından kompensasiya etmək üçün yosunlardan biokultivatorların yaradılması” (COP-29-a töhfə olaraq) proqramları üzrə də tədqiqatlar başlanılmışdır.

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 16 noyabr 2022-ci il tarixli “Azərbaycan Respublikasının işğaldan azad edilmiş ərazilərinə Böyük Qayıdışa dair I Dövlət Proqramı”nın təsdiq edilməsi haqqında sərəncamından irəli gələn tapşırıqların yerinə yetirilməsində Azərbaycan botanikləri də öz töhfəsini verməkdədir. 2024-cü ildə “Xalq təbabətinin undulmuş reseptləri (Qərbi Azərbaycan, Şərqi Zəngəzur və Qarabağ icmaları yaddaşlarından)” adlı kitab və Böyük Qayıdışa töhfə olaraq  bitkilərin arıçılıq, baytarlıq, quşçuluq və heyvandarlığın inkişaf etdirilməsində Qarabağ icmalarına hazırlanan buklet və broşurlar yerli icmaları maarifləndirmək məqsədi ilə onlara paylanmışdır. Kitabda 234 dərman bitkisi və onların istifadəsinə aid 224 yığımın (reseptin) açıqlaması, istifadə qaydaları, bitkiləri tanıtmaq üçün onların rəngli şəkilləri verilmişdir. Tədbirlər zamanı professor S.İbadullayeva tərəfindən “Azərbaycan florasında yayılan dərman bitkilərindən istifadə perspektivləri” elmi tədqiqat proqramı çərçivəsində  "Böyük Qayıdış" icmalarına yaşadıqları bölgədə yayılan bitkiləri tanıtmaq və onların istifadə yollarını öyrətmək məqsədi ilə nəşr olunan kitabın və Azərbaycan florasında yayılan bitkilərin arıların, ev quşlarının müalicəsində, baytarlıq təbabətində istifadəsinə dair 100-dən çox dərman bitkisi haqqında məlumatlar toplanmış 3 bukletin və 2 broşurun treninq formatda təqdimatı keçirilib, onlar kitabxanalara hədiyyə edilib, eləcə də yerli icmalara paylanılıb.

Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 2022-ci ilin “Şuşa İli” elan edilməsi ilə bağlı 5 yanvar 2022-ci il tarixli Sərəncamının icrası istiqamətində Şuşa şəhərində çöl-tədqiqat işlərinin yerinə yetirilməsi təmin edilmiş, həmçinin Cıdır düzü və Topxana meşəsi  ərazilərində floristik vəziyyətin monitorinqi aparılmış və Botanika İnstitunun baş direktoru, b.e.d., professor Səyyarə İbadullayeva, Etnobotanika şöbəsinin aparıcı elmi işçisi b.ü.f.d., Nuri Mövsümova və Ali bitkilərin ekologiyası və coğrafiyası laboratoriyasının müdiri f-r.ü.f.d., dosent Elman Yusifov və b.nın iştirakı ilə ilkin botaniki ekspedisiya həyata keçirilmişdir.

Bu işlərin nəticəsi olaraq İnstitutun alimlərinin 2 elmi əsəri 2023-cü ildə “Apple Academic Press” nəşriyyatında çapdan çıxmış iri həcmli “Ethnic Knowledge and Perspectives of Medicinal Plants” kitabında ayrıca fəsillər şəklində yer almışdır. Kitab əsasən Qarabağ bölgəsinin florasında yabanı dərman və qida bitkilərinin etnik istifadəsinə həsr edilmiş tədqiqatlardan bəhs edir. “Traditional Herbal Treatments in Karabakh-Azerbaijan” (I cild, 79-141 s.) adlı kitab fəsli b.e.d., professor Səyyarə İbadullayevanın həmmüəllifliyi, “Nutritional Herbs from Karabakh, Azerbaijan” (II cild, 70-101) adlı kitab fəsli isə b.e.d., profesor Eldar Novruzov, b.e.d. Lətafət Mustafayeva, b.ü.f.d. Aydan Zeynalovanın həmmüəllifliyi ilə tərtib edilmişdir.

Botanika İnstitutunda klassik və eksperimental botaniki tədqiqatların nəticələri 1936-cı ildən nəşr olunan “AMEA Botanika İnstitutunun elmi əsərləri” çoxcildliyində toplanılır. Müasir çağırışlara uyğun olaraq, 2018-ci ildən etibarən həmin jurnal ingilis dilində “Plant & Fungal Research” (Bitki və göbələk tədqiqatları) adı altında beynəlxalq statusda nəşr olunur (ISSN 2617-8001). 2023-cü ildən “Plant and Fungal Research” beynəlxalq jurnalı BMT-nin Ərzaq və Kənd təsərrüfatı Təşkilatının (FAO) rəsmi internet səhifəsində AGRİS sisteminə daxil olmuşdur. Həmçinin Botanika İnstitutunun rəhbərliyi ilə Azərbaycan Botaniklər Cəmiyyəti İctimai Birliyi (ABCİB) tərəfindən nəşr olunan, “Azərbaycan Botanika Jurnalı” Azərbaycan Respublikasının Prezidenti yanında Ali Attestasiya Komissiyası tərəfindən tövsiyə edilən dövri elmi nəşrlərin siyahısına salınıb.

Hazırda Botanika İnstitutunda elmin informasiya təminat sisteminin təkmilləşdirilməsi və gücləndirilməsi məqsədinə xidmət edən 4 yerli və 2 beynəlxalq məlumat bazaları fəaliyyət göstərir.

İnstitutun Təhsil şöbəsinin nəzdində elmlər və fəlsəfə doktoru hazırlığı üzrə doktorantura və magistraturada alimlərin rəhbərliyi altında elm və təcrübə ilə uzlaşdırılmış təhsil və təlim prosesləri əsasında yeni nəsil yüksək ixtisaslı gənc kadrların hazırlanması istiqamətində pedaqoji fəaliyyət uğurla həyata keçirilir.

Hazırda Botanika İnstitutunda 192 nəfər əməkdaş, 11 elmlər doktoru və 40 fəlsəfə doktoru olmaqla, 87 elmi işçi çalışır.