Azərbaycan Milli Elmlər Akademiyası Botanika İnstitutu Azərbaycan Respublikasında bitkilər aləmini öyrənən geniş profilli elmi mərkəzdir. 1936-cı ildə keçmiş SSRİ EA Zaqafqaziya filialının Azərbaycan şöbəsinin botanika bölməsi əsasında təşkil olunmuşdur. İlk direktoru İnstitutun təşəkkül tapmasında böyük rolu olmuş görkəmli botanik, Qafqaz florasının məşhur tədqiqatçısı, SSRİ Dövlət mükafatı laureatı, akademik A.A.Qrossheym olmuşdur. Sonrakı dövrlərdə İnstituta akademik M.H.Abutalıbov (1947-1950; 1962-1978), akademik H.Ə.Əliyev (1950-1952), b.e.d. Ş.Ö.Barxalov (1952-1950), akademik V.C.Hacıyev (1988-2008), müxbir üzv S.H.Musayev (2008-2010) rəhbərlik etmişlər. Onlardan əlavə, İnstitutun tanınmasında həmçinin görkəmli akademik və professorlar – V.Tutayuq, V.Ulyanişev, İ.Karyagin, Q.Axundov, L.Prilipko, R.Rzazadə, İ.Səfərov, C.Əliyev, R.Əsgərova, N.İsmayılov və başqalarının çox böyük rolu olmuşdur. İnstitutun fəaliyyəti dövründə 8 cildli “Azərbaycan florası”, 7 cildli “Qafqaz florası”, “Qafqaz şibyə florası”, 4 cildli “Azərbaycan mikoflorası”, “Böyük Qafqazın yüksək dağ bitkiliyi”, 2 cildli “Azərbaycanın otlaq və biçənəklərinin yem bitkiləri”, 3 cildli “Azərbaycanın ağac və kol bitkiləri”, “Azərbaycanın Qırmızı və Yaşıl kitablarına tövsiyə olunan bitki və bitki formasiyaları”, “Azərbaycanın alkoloidli bitkiləri”, “Bitkilərin fotosintez fəaliyyəti, mineral qidalanması və məhsuldarlığı”, “Azərbaycanın torpaq-bitki örtüyündə stronsium-90 və sezium”, “Bitki karbonhidrazası”, “Fotosintez və soya məhsulu”, “Bitkilərin mineral qidalanması”, 2 cildli “Bitki fiziologiyası” və s. kimi fundamental monoqrafiyalar, kitablar, terminoloji lüğətlər və minlərlə dəyərli əsərlər dərc olunmuşdur. Son 20 ildə İnstitut əməkdaşlarının 50-yə yaxın kitabı çapdan çıxmışdır.